dcdという実行属性を持つテキストファイルをパス通した所に以下の内容で作る。
#! /bin/sh.exe
/bin/echo -n "cd " >/bin/temp.sh
echo $1|sed 's/C:/\/cygdrive\/C/g'|sed 's/\\/\//g'|sed 's/ /\\ /g' >>/bin/temp.sh
source /bin/temp.sh
と、しておき、aliasの設定で
alias ccd='source dcd'
これで、cygwin上で
ccd "ウィンドウズ上のフォルダ名"
と、するとそのフォルダに移動する。